Przekonanie, że ewidencja zakupu i sprzedaży będzie przedkładana tak jak pozostałe struktury JPK (faktury, księgi rachunkowe itp.) na specjalne wezwanie urzędu istniało do momentu przegłosowania nowelizacji Ordynacji podatkowej w sprawie Jednolitego Pliku Kontrolnego (JPK). Jak się jednak okazało, zgodnie z nową ustawą każdy pomiot będzie miał obowiązek składania przedmiotowej ewidencji co miesiąc. Ponadto obowiązek comiesięcznego składania ewidencji dotyczyć będzie także podatników rozliczających się kwartalnie. Takie rozwiązanie podaje w wątpliwość sens składania deklaracji kwartalnych, gdyż w celu sprawdzenia ich poprawności urząd będzie musiał zsumować wszystkie dane dotyczące jednego kwartału.
Analizując nowe zapisy ustawy nie można zapomnieć o średnich i małych przedsiębiorstwach, którym nowelizacja może przysporzyć najwięcej problemów z uwagi na konieczność wcześniejszego wdrożenia nowych systemów informatycznych umożliwiających sporządzanie ewidencji w strukturze JPK. Ta grupa podmiotów, co prawda została poinformowana o konieczności wdrożenia struktur JPK od lipca 2018 r., nie była jednak świadoma, że już od stycznia 2017 r. zostanie objęta obowiązkiem comiesięcznego przedkładania do urzędu ewidencji zakupu i sprzedaży VAT. Analogiczna sytuacja jest z mikroprzedsiębiorcami, które ewidencję VAT będą musiały przedkładać do urzędu od stycznia 2018 r.